Subito dopo il passaggio dei Mongoli nell'antica Persia del XIV secolo, le terre iraniane tornarono sotto gli influssi dell'Islam sunnita, quello originario degli arabi dominatori che qui l'avevano portato nel VII secolo.
È con i Muzaffaridi che tornano al comando i musulmani sunniti. Inizialmente i Muzaffaridi erano al servizio proprio degli Ilkhan mongoli, costretti, loro malgrado, a spostarsi dalla regione di cui erano originari, il Khorasan, a Yazd: vicino a Yazd, a Meybod, crebbero pian piano il carisma e il peso della famiglia Muzafarride, prima con Sharaf al-Dīn al-Muzaffar, che fu nominato governatore della città suddetta per scongiurare il pericolo apportato dalle bande di predoni che scorazzavano spesso su quelle terre, poi con il figlio, Mubarriz al-Dīn Muhammad, che sfidò e vinse il governatore di Yazd, mettendo nelle sue mani il controllo dell'importante città persiana.

Il controllo della regione passò dunque in breve tempo sotto la guida di una giovane dinastia islamica che, certamente, si fece onore per l'espansione territoriale che riuscì a realizzare (con la conquista di Kerman, Isfahan e Shiraz tutta l'Iran Occidentale passò sotto il suo controllo), ma che non riuscì a farsi amare a causa del tipo di rapporto che instaurò con il suo popolo, rapporto caratterizzato da dispotismo e intransigenza. Anche in seno alla famiglia stessa i rapporti non erano dei più pacifici: Mubarriz al-Dīn fu prima accecato e poi assassinato dal suo stesso figlio, Jalāl al-Dīn Shāh Shujā‘.

L'intera storia della dinastia Muzaffaride è stata caratterizzata dalle faide interne tra fratelli nella perenne contesa delle maggiori città che si trovavano ad amministrare: Shāh Shujā' nel 1363 marciò contro Shāh Mahmūd di Isfahan, ma non riuscì nell'impresa, mentre un anno dopo sarà Shāh Mahmūd a sfidare il fratello sul campo di Shiraz con l'appoggio degli Jalayiridi. L'anno dopo Shāh Shujā' perderà la città di Shiraz ma si rifarà sul fratello nel 1375, conquistando altrettanto preziosa cità di Isfahan che da tempo ambiva. Nel frattempo, però, un altro fratello della dinastia Muzaffaride, Shāh Yahya, reclamava la città di Isfahan appena riconquistata da Shāh Shujā'. La determinazione di Shāh Yahya e del suo popolo suggerirono a Shujā' di nominare per la successione al trono il figlio Zayn al-‘Ābidīn, e a gettare le basi per la sua futura, proficua alleanza con Tamerlano, che nel frattempo era impegnato in Azerbaijan. Ma ci volle poco al figlio, in realtà, a tradire questa fiducia faticosamente costruita inimicandosi anche il temuto re mongolo.

L'unico dei Muzaffaridi cui Tamerlano accordò, pur per breve tempo, la sua fiducia, fu Shāh Yahya, al quale lasciò il controllo di Shiraz. Per il resto, con una vera e propria "epurazione" (o "purga" come direbbero alcuni storici), fece piazza pulita di quel che restava di una famiglia lacerata dalle continue battaglie interne e quindi indebolita dalle aspirazioni di potere che mettevano i suoi capi l'uno contro l'altro. Zayn al-‘Ābidīn e suo fratello Sultān Shiblī, gli unici sopravissuti alla purga ordinata da Tamerlano, furono esiliati a Samarcanda. Questa città rappresentò il capolinea della travagliata dinastia Muzaffaride.