Nelle elezioni presidenziali del maggio 1997 Hashemi Rafsanjani fu battuto da Mohammed Khatami, esponente del clero moderato, sostenuto dai democratici. Lo scontro tra le due fazioni si fece sempre più intenso. I tentativi riformistici di Khatami infastidirono il blocco più intransigente del clero sciita, che ricorse ai suoi ampi poteri per contrastare l’azione del governo; i conservatori giunsero a fomentare l’attacco contro i sostenitori delle riforme.

I riformisti però guadagnarono consensi, ottenendo un nuovo clamoroso risultato nelle elezioni amministrative della primavera del 1999. Nel luglio 1999 il parlamento, controllato dai conservatori, approvò un progetto di legge che sanciva la limitazione della libertà di stampa.

Khatami perseguì una politica estera rivolta da un lato alla normalizzazione delle relazioni con i paesi arabi (in particolare con Arabia Saudita ed Egitto) e dall’altro al riavvicinamento ai paesi occidentali, che provocò altri aspri contrasti. Tuttavia, se i rapporti di Khatami con i paesi dell’Unione Europea furono tollerati dal clero.

Nelle elezioni presidenziali dell’8 giugno 2001 Khatami ottenne un’altra vittoria schiacciante, raccogliendo quasi l’80% dei voti contro il 15% del principale candidato conservatore. Il clero conservatore non si arrese, e continuò ad arginare l’iniziativa dei riformisti; sfruttò anche a proprio vantaggio la situazione internazionale, innescando una reazione nazionalista sia alla dichiarazione di George W. Bush, che nel gennaio 2002 incluse l’Iran nel cosiddetto “asse del male”, sia al conferimento del premio Nobel per la Pace all’avvocata iraniana Shirin Ebadi (2003), attiva nella difesa dei diritti umani.